Эндоскопическое отделение "Городской больницы Анапы" начало функционировать с 1 октября 2006 года. Там пациенты могут пройти различные виды диагностических и лечебных эндоскопических процедур. Сюда входят исследования, такие как эзофагогастродуоденоскопия (осмотр пищевода, желудка и двенадцатиперстной кишки), фиброколоноскопия (осмотр толстого кишечника) и фибробронхоскопия (осмотр бронхов). Отделение принимает пациентов, нуждающихся в экстренной или плановой медицинской помощи, включая стационарных больных из других отделений больницы, а также пациентов, обратившихся на амбулаторный прием.