Отделение эндоскопии существует с 1983 г. в составе МБУЗ «ГБ». Занимается диагностикой заболеваний желудочно-кишечного тракта и легких. Отделение работает круглосуточно. Ежегодно выполняется более 5000 исследований, таких как: эзофагогастродуоденоскопия, фиброколоноскопия, фибробронхоскопия.