Эндоскопическое отделение оснащено современным эндоскопическим оборудованием, включающим цифровые видеоэндоскопические комплексы фирм Olympus, Fujinon, Pentax; лапароскопические операции производятся на немецком и американском оборудовании Karl Storz и VikinG. Кабинеты отделения эндоскопии расположены в хирургической службе стационара (Медгородок на ул.Румянцева, 28А), в трех поликлиниках ГКБ-6, а также в женской консультации.