"Оренбургская областная клиническая больница № 2" имеет эндоскопическое отделение, расположенное на втором этаже диагностического здания. Оно включает в себя помещения для проведения гастроскопии, трахеобронхоскопии и колоноскопии, а также дополнительные кабинеты. Это отделение также находится на том же этаже, что и Областной центр колопроктологии. Хирургические эндоскопические процедуры проводятся в специализированных операционных блоках. Пациенты принимаются ежедневно с 9 утра до 3 дня, за исключением выходных. В случае необходимости экстренной эндоскопической помощи, она оказывается круглосуточно. Для вызова дежурного врача-эндоскописта на дом используется приемное отделение.