Республиканская клиническая больница № 2 является государственным казённым учреждением здравоохранения, оказывающим первичную, в том числе доврачебную, врачебную и специализированную медико-санитарную помощь в амбулаторных условиях и специализированную медицинскую помощь в стационарных условиях прикрепленному контингенту. Учреждение является юридическим лицом, находящимся в ведомственном подчинении Министерства здравоохранения Республики Башкортостан и Управления делами Президента Республики Башкортостан.