Эндоскопическое отделение создано в 1993 году. Благодаря полученному в рамках Приоритетного Национального Проекта «Здоровье» оборудованию в отделении проводятся: фиброэзофагоскопия, фиброколоноскопия и цистоско-пия. Таким образом, лечащие врачи имеют возможность выявлять хронические заболевания, в том числе онкологические, на самых ранних стадиях.